Jednym z istotniejszych organów w prosta spółka akcyjna jest z całą pewnością zarząd. Zależnie od woli akcjonariuszy, zarząd może być jedno- lub wieloosobowy. Zarząd odpowiada za prowadzenie spraw wewnętrznych spółki oraz jej reprezentację na zewnątrz. Członek zarządu może być powołany na czas kadencji lub na czas nieokreślony.
Prócz zarządu, istnieje także fakultatywna możliwość powołania rady nadzorczej. Składać się ona powinna z co najmniej 3 członków. Jej podstawowym zadaniem jest bieżące czuwanie nad działalnością spółki. Choć rada nie może wydawać wiążących poleceń zarządowi, to jednak w umowie spółki istnieje możliwość zastrzeżenia pewnych decyzji, których podjęcie przez zarząd możliwe będzie dopiero po pozytywnym zaopiniowaniu przez radę.
Rady nadzorczej nie powołuje się w przypadku powołania rady dyrektorów. Jest to całkowicie nowy organ, który w zamyśle ustawodawcy skupiać może w swych rękach uprawnienia zarządcze, nadzorcze i reprezentacyjne. Powierzenie tak szerokich kompetencji jednemu organowi jest zabiegiem do tej pory niespotykanym w przypadku uregulowań polskiego prawa spółek. Ustawodawca posunął się jednak o krok dalej, dając możliwość powołania jednoosobowej rady. Wyłoniony dyrektor dysponuje wobec tego wszelkimi najistotniejszymi kompetencjami w zakresie szeroko pojętego prowadzenia spraw spółki. Regulacja ta ma na celu obniżenie kosztów działalności przedsiębiorstwa, szczególnie w jego początkowej fazie, poprzez ograniczenie środków koniecznych na wynagrodzenia. W ramach rady dyrektorów można jednak powołać także dyrektorów wykonawczych, których kompetencje zakreślone zostaną w umowie spółki.
Nie sposób nie wspomnieć także o walnym zgromadzeniu akcjonariuszy. Jest to organ, w skład którego wchodzą wszyscy akcjonariusze. Do jego zadań należy podejmowanie uchwał w kluczowych dla spółki sprawach, np. co do wypłaty dywidendy, czy udzielenia absolutorium członkom zarządu.